si stabilirono in questa zona alcune popolazioni etrusche, come testimoniato da alcuni reperti archeologici ritrovati nella zona.Dopo questo insediamento si stabilirono nella zona delle popolazioni bizantine, conseguentemente popolazioni longobarde vi edificarono un distretto militare.
Anche Vagli come altri paesi della Toscana ha subito lotte interne fra ghibellini e guelfi, ma la città è sempre stata più vicina ai guelfi.
Dopo queste lotte, la famiglia degli Estensi allargò i suoi domini anche su Vagli di Sotto, comandando per molti secoli.
Verso la fine del XIX secolo è stato registrato nel villaggio fu colpito da una terribile epidemia di colera.
Una delle risorse principali di queste terre sono stati i boschi, l'agricoltura ed i pascoli.
L'estrazioni di marmo cominciarono solo nel ‘900, quando fu costruita una strada che permetteva il trasporto dei pesanti blocchi di marmo.
Lo sviluppo del turismo oltre ad essere una delle fonti economiche primarie, ha permesso alla natura circostante di mantenersi intatta in tutti i suoi aspetti.
Il comune di Vagli si estende nella valle del torrente Edron, nella Grafagnana.0